Se você quiser silenciá-lo temporariamente, desabilite o módulo do kernel que controla-o. Assim:
sudo modprobe -r pcspkrSe quiser silenciá-lo para sempre (ou pelo menos até a próxima instalação do Ubuntu), edite o arquivo blacklist
sudo gedit /etc/modprobe.d/blackliste adicione a seguinte linha nele:
blacklist pcspkrE não incomode mais ninguém!